男性阴茎短小的原因主要是由于阴茎发育不良所导致的。以下是可能导致阴茎短小的原因：

　　包皮过长：包皮过长会导致包皮垢的积累，从而引发生殖泌尿系统的感染，如包皮龟头炎、前列腺炎等。同时，过长的包皮也会限制阴茎的发育，导致阴茎短小。

　　包茎：包茎是指包皮完全覆盖尿道口，但可向上翻转显露阴茎头。阴茎皮软状态下，龟头与冠状沟不仅不能外露，用手也不能上翻，龟头长时间不与外界接触长时间包裹在龟头上形成一层膜造成不射精症，影响发育，导致小阴茎，小龟头。

　　除了以上原因，还有一些其他因素可能导致阴茎短小，例如内分泌失调、遗传因素等。为了预防或改善阴茎短小的问题，建议男性朋友在发育时期及时处理包皮过长或包茎等问题，保证阴茎的正常发育。如果存在其他健康问题，也应及时就医。